Apesar de ser reconhecida em toda a cidade por seu projeto pedagógico alternativo, que fomenta o diálogo, a inclusão e o pensamento crítico, a Nova Escola pode ser fechada no final do ano letivo. Isso porque a entidade filantrópica Associação pela Família (ASPF), que a mantém, alega prejuízos recorrentes com a unidade. Por esse motivo, a comunidade escolar pediu auxílio do deputado Carlos Giannazi, que realizou audiência pública nesta quarta-feira, 29/6, para a discussão de alternativas.

Em setembro de 2016, ASPF comunicou que a escola " que atua da educação infantil ao ensino médio " seria fechada em dezembro daquele ano. Isso só não aconteceu por conta da mobilização de pais, alunos e professores, que negociaram a continuidade das aulas e propuseram auxílio para o equacionamento das contas. Neste mês de junho, entretanto a associação informou que o déficit continua e que a Nova Escola será fechada no final do ano letivo.

Representando o coletivo de pais de alunos, Allan Comar afirmou estar convicto de que pais e professores foram enganados pela ASPF " também mantenedora há 70 anos da escola Gracinha, de pedagogia tradicional " que nunca teve o verdadeiro intuito de prosseguir com as atividades da Nova Escola.